所謂的巧克力囊腫，就是原本應存在於子宮內的子宮內膜跑到卵巢部位生長；當每個月月經來潮時，體內賀爾蒙刺激卵巢內的子宮內膜組織，產生經血積聚在卵巢內而形成一個囊腫，因為囊腫內黏稠液體及顏色類似巧克力，故稱為巧克力囊腫。一般而言，剛開始有巧克力囊腫的女性並不會有不適的症狀，但大部分都會有經痛的經驗。隨著時間進展，巧克力囊腫便會逐漸變大，甚至有可能從最初的單側卵巢，嚴重至兩側卵巢都有巧克力囊腫。因此月經失調、慢性骨盆腔疼痛、性交痛、囊腫破裂造成急性骨盆腔疼痛等等，也可能發生。
由於子宮內膜異位症最好發的年齡層是在生育階段的女性，因此衝擊最大的就是生育能力的影響。子宮內膜異位症常常會合併嚴重的骨盆腔沾黏，進而導致排出的卵子無法順利的進入輸卵管內受孕。此外，由於巧克力囊腫有時會「吃」掉正常的卵巢組織，而影響女性的排卵功能，造成卵子品質不佳而無法授精，或是卵巢功能提早衰退。
